Pencarian SasukeDi Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya karena menggunakan mangekyou sharingan secara beruntun. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang anbu yang pernah menjadi junior Kakashi di masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "roots" bernama [[Sai]]. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai "roots". Karena ketidakkompakan tim, Yamato murka dan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Disini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang anbu : mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.
Merekapun lalu pergi ke ''Tenchikyo'' untuk menemui mata-mata Sasori, yang tidak lain adalah Kabuto, ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terelakkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra [[Kyuubi]] dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk [[Kyuubi]] ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan ataupun lawan. Untungnya, Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan chakra kayu (yang sama dengan chakra Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.
Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru dan Sasuke. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia urung karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha. Sasuke lalu mengalahkan mereka semua dan tim Yamato pulang ke konoha dengan penuh kekecewaan.
